Berdasarkan data keadaan geografis wilayah Puskesmas Dulupi terdiri dari tiga Desa delapan belas Dusun. Dan masing-masing Desa masih memiliki Dusun yang terletak sangat jauh dari pusat Desa dan termasuk daerah terpencil. Diantaranya Dusun Tilemba di Desa Kotaraja, Dusun Labuhan Timur di Desa Tabongo dan Dusun Langge dan Sambati di Desa Dulupi. Secara keseluruhan wilayah desa termasuk daerah pegunungan dan dataran dengan sumber pertaniannya, dan daerah kelautan dengan sumber potensi perikanannya. Memiliki luas ± 112,3 km2 atau sebesar 34, 4% dari luas wilayah Kecamatan Dulupi berdasarkan data BPS, dengan batas-batas wilayah sebagai berikut:
Pada Awalnya Puskesmas Dulupi hanya Sebuah bangunan PUSTU (Puskesmas Pembantu) di wilayah Kerja Puskesmas Tilamuta. Dan pada Tahun 2003, di masa Pemerintahan Bupati pertama Kab. Boalemo Bapak Ir. H. Iwan Bokings, barulah di Sahkan menjadi sebuah Pusat Kesehatan Masyarakat (PUSKESMAS) di wilayah kerja Kec. Dulupi melalui Surat Keputusan (SK) Bupati Boalemo No. 85 Tanggal 5 April 2003 tentang PENGGUNAAN PUSKESMAS DULUPI KECAMATAN DULUPI KAB. BOALEMO. Dan pada Tahun 2016, di masa Pemerintahan Bupati Boalemo Bapak Drs. H. Rum Pagau, Puskesmas Dulupi memperoleh Surat Ijin Operasional melalui Surat Keputusan Bupati Boalemo No. 3 Tanggal 30 Maret 2016